Сериал начинается в Калифорнийском университете. 0001 год, в самом начале колонизации космоса человеком, когда уничтожается космическая колония под названием Лаплас. Основная история происходит в UC 0096, через три года после событий Mobile Suit Gundam: Char's Counterattack и за 27 лет до Gundam F91.

История вращается вокруг Банагера Линкса, казалось бы, нормального мальчика, живущего и ходящего в школу. в космических колониях.Его жизнь меняется однажды, когда он встречает девушку по имени Одри Бёрн. Эта встреча знакомит его с новым Гандамом и его связью с предметом под названием «Ящик Лапласа».