Действие происходит в футуристическом городе под названием Мардок-Сити. Руна Баллот — молодая проститутка, которую взял к себе известный игрок Шелл Септинус. Однажды ночью Шелл бросает Руну и пытается убить ее взрывом. Однако доктор Истер спасает ее и превращает в киборга. Искусственный интеллект в форме Мыши сопровождает ее, адаптируясь к новой жизни.Руне обучена использовать передовые технологии, установленные на ней, чтобы защитить себя от попыток Шелл убить ее, чтобы помешать ей дать показания против него.