Добро пожаловать в N.H.K. вращается вокруг жизни нескольких молодых людей, живущих в Токио или его окрестностях. Показано множество различных образов жизни, хотя большую часть времени история сосредоточена на концепциях хикикомори, аниме-отаку, а также на том, что большинство персонажей испытывают сильные чувства депрессии и одиночества.