Действует через год после окончания Persona 4. Старый друг-детектив Токо Аой просит Наото расследовать загадочные исчезновения двух студентов Ягакоро. Там она является партнером Сосея Курогами, механического детектива и полной противоположности ей с точки зрения личности и методологии. При их первой встрече она просыпается в новом образе Аматсу Микабоши, который позволяет ей усилить способности Сосея, Цукуёми.Вместе с Соусеем она открывает Полуночный сайт, анонимный сайт, где приговоры выносятся пяти судьям, названным в честь персонажей японской мифологии: Узуме, Сарутахико, Омоикане, Тадзикарао и Футотама.