Это приквел к аниме-фильму «Ару Мадзюцу но Кинсё Мокуроку – Эндимион но Кисэки».

Незадолго до завершения строительства космического лифта «Эндимион» в Академгороде главные герои Камидзё Тома и Индекс встречаются девушка 0-го уровня по имени Ариса. Волшебники преследуют Арису и атакуют Академгород. Женщина-лидер по имени Шаттоаура возглавляет отряд Академгорода против нападения.Камидзё и Индекс узнают от Стейла, что Ариса является ключом к назревающей войне между сторонами Магии и Науки. Когда пути науки и магии пересекаются, история начинается с Эндимиона в качестве сцены!