Основная история Ваташитати-но Тамура-куна вращается вокруг главного героя Юкисады Тамуры, который на момент начала учится в третьем классе средней школы. Юкисада очарован странной девушкой по имени Комаки Мацудзава, которая говорит, что ее место рождения было на другой планете, и она пытается вернуться. Однажды Юкисада признается в своей привязанности к Комаки, но сразу после этого умирает бабушка Комаки, и ей приходится уехать.Им обоим удается какое-то время поддерживать связь, отправляя письма, хотя Комаки перестает писать примерно во время вступительных экзаменов в среднюю школу. Когда Юкисада поступает в среднюю школу, он начинает беспокоиться об одной из своих одноклассниц по имени Хирока Сома. В средней школе над Хирокой постоянно издевались, из-за чего она оставалась дома, что в конечном итоге привело к изоляции и беспомощности.Юкисада предпочитает не игнорировать ее, как большинство других своих одноклассников, а вместо этого начинает подбадривать ее и помогает повысить самооценку. Вскоре Хирока влюбляется в Юкисаду и однажды признается ему в любви. Все это время Юкисада поддерживал связь с Комаки и упоминал Хироку в своих письмах. Вслед за этим однажды после долгого времени от Комаки к Юкисаде приходит письмо с вопросом, кто такой Хирока.